Biológiai kutatások európai grid infrastruktúrán

Az EGEE egy olyan európai koordinálású projekt, melyben a világ minden részéről 70 intézmény vesz részt, többek között a BME Informatikai Központja is. A kitűzött cél egy stabil, megbízható grid infrasturktúra létrehozása a következő két évben a különböző tudományos kutatások kiszolgálására. A projekt támogatást nyújt alkalmazások gridre való portolásához és oktatást vállal minden tudásszinten. Az EGEE azt tervezi, hogy két év alatt 15 országból közel 3 ezer felhasználó fog csatlakozni hozzájuk. Ezen időszak alatt az EGEE Grid legalább 9 ezer csomópontot és 1000 TB-nyi tárolókapacitást fog elérni. A projekt áprilisi indulása óta egy átlagos PC 3700 évnyi számítási idejének megfelelő számítást végzett el az infrasturktúra.

A grid számítási kapacitásának kihasználására a legnyilvánvalóbb jelentkezők a biológiai, orvosi vagy más egészségügyi kutatásokat végző szervezetek. Néhány ilyen példa, melyek igénylik a Grid adta lehetőségeket:

  • Nagy adathalmazok analízise: pl. genetikai analízis, populációgenetika, gyógyszerkísérletek;
  • Elosztott alkalmazások: pl. hozzáférés a képalkotó technológiákhoz hordozható eszközökön keresztül, bármilyen helyszínen;
  • Szimulációk: pl. fehérjékkel kapcsolatos kísérletek, biokémiai folyamatok és teljes sejtszimulációk, ökológiai szimulációk, orvosi vizualizáció (pl. MRI szimulációk);
  • Heterogén adathalmazok: pl. különböző bioinformatikai adatbázisok összekapcsolása.

A biológiai, orvosi kutatások támogatása az EGEE egyik kiemelt célterülete. Ez következik a projekt előzményéből is, hiszen a European DataGrid (EDG) már előzőleg szerzett tapasztalatokat ezen a területen. Az ezzel a témával foglalkozó kutatók bevonását ösztönzi az is, hogy az EGEE szakértői segítséget nyújtanak a meglevő alkalmazások portolására. Jelenleg a következő alkalmazások működnek együtt az EGEE griddel:

  • GATE: sugárterápiás tervezés, tomográfiai alkalmazások
  • GPS@: fehérjeszekvencia-analízis
  • CDSS: klinikai döntéstámogató rendszer
  • PTM3D: interaktív radiológiai képalkotás és feldolgozás
  • Mammogrid: mammográfiai felvételekből álló összeurópai adatbázis létrehozása

A projektről további információk szerezhetők a http://public.eu-egee.org/ oldalon.

Azóta történt

Előzmények